เรื่องย่อ อนิเมะในภาคนี้จะเป็นเรื่องราวในโลกคู่ขนานของ FateSeries โดยสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ได้จบลงในครั้งที่ 3 ในเมืองฟุยุกิเนื่องจากจอกศักดิ์สิทธิ์ได้หายไปจากสงครามในครั้งนี้  จึงมีผลทำให้ไม่มีสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ในครั้งต่อๆ ไป หรือก็คือสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ในครั้งที่ 4 และ 5 แม้ว่าไฟสงครามในเมืองฟุยุกิจะมอดดับลง… แต่นั่นยังไม่ใช่จุดสิ้นสุดอย่างแท้จริง ยุคด์มิลเลเนีย (Yggdmillennia) กลุ่มจอมเวทย์กลุ่มหนึ่งได้ทำการขโมยจอกศักดิ์สิทธิ์ไปจากสมาพันธ์จอมเวท  ซึ่งเป็นการก่อให้เกิดสงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งใหม่ แบ่งฝ่ายออกเป็นสองกลุ่มคือ “ฝ่ายดำ” (黒の陣営, Kuro no Jinei) และ “ฝ่ายแดง” (赤の陣営, Aka no Jinei)  โดยมีสนามรบคือเมืองทรีฟัส (Trifas)สงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ครั้งใหม่กำลังจะเริ่มต้นขึ้นในอีกไม่ช้า…